Пропадает без вести сотрудница ФБР, и последней надеждой её коллег становятся Фокс Малдер и Дана Скалли, бывшие специальные агенты, вынужденно, хотя и по разным причинам, оставившие службу. Единственным человеком, дающим следствию хоть какую-то информацию, является престарелый Джозеф Криссман, в прошлом священник, отбывший наказание за совращение малолетних, который уверяет, что картины совершённых преступлений непроизвольно - «по воле Бога» - возникают в его сознании...
Расформированная группа супергероев воссоединяется после смерти своего приемного отца, который готовил их к спасению мира от неизвестной угрозы. Вместе они должны продолжить его дело.